论文查重工具中的个性化设置选项包括：1.排除参考文献2.排除引用部分3.排除格式调整4.排除题目5.排除摘要6.排除注释7.排除换行8.排除图片表格9.排除相似度低的部分10.排除自我抄袭部分。其中，排除相似度低的部分和排除自我抄袭部分需要上传历史论文，系统会进行比对。用户可以根据自己的需要选择相应的选项进行查重。

在使用论文查重工具时，个性化设置选项的选择非常重要。如果不选择排除参考文献和引用部分，可能会导致查重结果不准确；如果不选择排除格式调整、题目、摘要、注释等选项，可能会导致查重结果偏高。因此，建议用户在使用时认真选择相应的选项，以获得更准确的查重结果。